清以前属广东南澳深澳区，称三澳乡。
1946年属深澳乡，称村。
1953年为渔业生产大队。
1969年改称村革命委员会。
1975年-1984年，二澳村民陆续迁至三澳村，1980年为农业生产大队。
1984年与吴平寨合为一个乡，1986年称拆分称三澳村民委员会。
1991年称三澳管理区，1998年改称三澳村委会，2004年村居规模调整与吴平寨合并为东阳村委会，撤销三澳村委会。
2017年撤销东阳村民委员会，三澳、吴平寨村再次分设，成立三澳村民委员会，并沿用至今。