南澳街道历史悠久，早在新石器时期就有人类在此居住，并留下畲吓和西涌口古村落遗址。
明洪武初年（1368—1398年），在今南澳西涌口修筑“老大鹏所城”和海防墩台。
据《宝安县志》记载，清康熙元年（1662年）至三年（1664年），朝廷曾两度下达“迁界令”，共内迁80里，勒令立界，界外房屋尽夷，空无一人。
时新安县缩小三分之二，人口大减，南澳荒为疏僻之地。
康熙二十二年（1682年），清廷宣布废止“迁界令”，南澳地域重得开发。
清嘉庆年间（1796—1820年），始有南澳村，无圩。
民国元年（1912年），南澳隶属新安县（1914年复称宝安县）。
民国二十七年（1938年）10月，中国共产党建立东江地区抗日民主政府——惠阳县第二区临时行政委员会，南澳属之。
1949年10月，南澳地区属惠阳县第四区之大鹏乡。
1951年11月，第四区析出第七区，南澳随大鹏乡属之。
1958年10月，成立大鹏公社，南澳属之。
同年11月，南澳随大鹏公社划归宝安县。
1983年7月，改公社为区，南澳隶属大鹏区。
1986年10月，撤区建镇，大鹏区分为大鹏镇和南澳镇。
1993年1月，宝安撤县分设宝安、龙岗二区，南澳镇隶属龙岗区。
2004年，宝安、龙岗两区撤镇设街，南澳街道办仍属龙岗区管辖。
2011年12月30日，大鹏新区成立，南澳街道隶属大鹏新区。