清康熙二十四年，花县建县属城南清潭村。
清代中叶，属狮岭巡检司积余图城西南四十五里清潭村，大窝㘵村和南阳庄。
民国初年，全县废县改区，属三区。
民国27年（1938年）花县6个区并为两个区，属第一区广潭乡。
民国29年（1940年）花县2个区分为3个区，属狮龙区广潭乡。
民国31年花县整编为3个行政区，属第三行政区。
民国35年（1946年）花县撤销3个行政区，改为县政府直辖24乡，属联乡乡清潭村，大窝㘵村和南阳庄。
1949年10月全县分东中西三个区，属中区联乡乡清潭村，大窝㘵村。
1950年4月全区分5个区，属第三区联乡乡清潭村，大窝㘵村和南阳庄。
1953年全区分为17个乡，清潭村和大窝㘵村属清㘵乡，南阳庄属莲南乡。
1956年由12个自然村组成为东分、西分、大窝三个高级合作社，1958年转为三个大队，1963年清潭村、大窝㘵村、南阳庄合并为一个大队，即清㘵大队，1983年为乡。
1987年1月，新华区公所依据花府复[1987]9号文件成立清㘵村委会，隶属新华区公所。
1987年3月，新华镇人民政府依据花府复[1987]12号文件成立清㘵村委会，隶属新华镇人民政府。
2013年12月，依据粤民区[2013]18号文件，清㘵村归由新雅街道管辖。