姚姓人氏最早在此立村，宁远村有一个宁远墟，因为这个市场很兴旺，当时吸引了东莞市商人那边过来到宁远墟做生意，渐渐地从东莞市过来定居的商人越来越多，后来宁远村就改名为东莞村。
清康熙17年名为宁远村。
清代中叶，属狮岭巡检司李溪四十三图城西南五十里，民国初年，全县废县改区，属三区东镜乡。
民国27年（1938年）花县6个区并为两个区，属第一区东境乡。
民国29年（1940年）花县2个区分为3个区，属狮龙区东境乡。
民国31年花县整编为3个行政区，属第三行政区。
民国35年（1946年）花县撤销3个行政区，改为县政府直辖24乡，属横潭乡东莞村。
1949年10月全县分东中西三个区，属中区横潭乡东莞村。
1950年4月全区分5个区，属第三区横潭乡东莞村，将东庄，黑坭庄划分至石塘村。
1958年为西庄、北庄两高级农业生产合作社。
改为村头、村委两大队。
1963年合为一个大队，为东莞大队。
1983年为东莞乡。
1987年1月，隶属新华区公所。
1987年3月，隶属新华镇人民政府。
2013年12月，依据粤民区[2013]18号文件，东莞村归由新雅街道管辖，并沿用至今。