港头村曾氏是春秋时代曾子的后代，曾子的五十一代曾晞尝，字可远，号北超，在宋孝宗熙五年（1178）科进士。
宋高宗南渡，任广西桂林节度使从江西庐陵县吉阳村迁入从化太平场，居住十多年，迁徒杨荷。
1218年，全歼金兵一支部队于白水，因军功封粤东侯，赐北岭地，迁吉星村。
曾晞尝之后，连续五代人中科举。
他第五代玄孙曾文孙，字希周，号岐石，于1351年中举后，从吉星村迁入港头村。
1987年1月，北兴区公所成立港头村委会，隶属北兴区公所。
1987年3月，隶属北兴镇人民政府。
2005年2月，依据粤民区[2005]10号文件，港头村归由花东镇管辖。
并沿用至今。