深渔村村民（深一大队）先祖来自清初番禺、新会、广海、宝安等地的渔民，以海为家，以渔为生，漂泊至此。
1951年各流动渔民、渔船于马宫港内成立“渔民互助组”。
1955年与海丰县梅陇镇、联安镇等地流动渔民、渔船（深二大队）合并成立“流动渔民协会”（初级社），于1957年进一步吸纳流动渔民、渔船扩大合并成立“渔业深海社”（高级社）。
1961年划分为“深一大队”和“深二大队”。
1984年两队重新合并为深渔乡。
1987年设深渔村，1990年设深渔管理区，1999年设深渔村委会至今。