新中国成立前，土瓜圩隶属东莞县文顺乡（现石龙）。
1950-1952年，属田头乡辖。
1952年，土瓜圩村与深沥、沙头、阵村4个村合并为丰平乡，隶属于东莞县第七区（企石区）。
1958年，隶属于东莞县企石公社上南大乡。
1959年3月，隶属博罗县园洲人民公社。
1959年，土瓜圩村与深沥村合并为土深大队。
1980年，拆分为深沥大队和土瓜圩大队。
1983年，土瓜圩与深沥合并为土深乡，1986年，成立土瓜圩管理区，1999年称土瓜圩村民委员会至今。