1949年设南峪乡，隶属县城区，1955年11月撤区并乡，将南峪乡并入东顺乡。
1956年9月，再次调整为南峪乡。
1958年4月，武山与漳县合并，同年12月甘谷并入武山，全县设10个大公社，下辖84年管理区，为南峪管理区；1961年5月，三县分置。
1962年1月，全县设8个区，下辖41个人民公社，南峪公社属城关区；1965年8月撤区并社，南峪公社划入东顺公社；1983年12月改为南峪村村民委员会。
隶属东顺乡。
2003年乡镇区划调整，撤销东顺乡划归城关镇管辖南峪村民委员会至今。