前身为秦家湾村和李家墩村。
1955年建秦家湾初级社；1957年转为桥墩高级社；1958年为敦煌人民公社党河大队桥墩生产队；1961年为党河人民公社秦家湾大队；1966年更名为红山大队；1969年恢复为秦家湾大队；1983年3月撤大队设村；2007年合村并组，原李家墩村并入秦家湾村，秦家湾村村名仍然沿用。
李家墩村土改时属三区三乡三行政；1955年建李家墩、达家湾两个初级社；1957年并建为桥墩高级社；1958年为敦煌人民公社党河大队桥墩生产队；1961年更名为党河人民公社李家墩大队；1966年更名为上游大队；1969年恢复为李家墩大队；1983年3月撤大队设村；2007年撤村并入秦家湾村，现已消失。