五代十国时期，后梁开平三年(909年)，王审知称闽王，911年，改元乾化，北宋，太平兴国三年(978年)，复以福州为威武军，闽清属之。
南宋，景炎元年(1276年)，升福州为福安府，闽清属之。
元，至元十五年(1278年)，元兵侵入福州后，初设福建中书省，寻废，改福安府为福州路，闽清均属之。
至正二十六年(1366年)，闽清属福建行省福州路。
明，洪武元年(1368年)，福州路改为福州府，闽清属之。
1912年，废府留道，闽清属东路道(后改闽海道)。
1925年，道废，闽清为福建省直辖县。
民国初期区划沿袭清制。
受辛亥革命影响，在县内划分为自治区1933年11月，国民革命军第十九路军发动福建事变，在福州成立中华共和国人民革命政府，福建划为4个省2个特别市，闽清属闽海省。
翌年1月事变失败，闽清再度为省直辖县。
7月，全省设10个行政督察区，闽清属第三行政督察区。
1935年，全省改划7个行政督察区、1个市，闽清属第二行政督察区；1943年9月，全省调整为8个行政督察区、2个市，闽清属第一行政督察区；1946年1月，全省划9个行政督察区、2个市，闽清仍属第一行政督察区；1947年4月，全省调整为7个行政督察区，闽清三度为省直辖县，闽清等8县和福州、厦门两市为省政府直辖。
1945年9月，国民政府对乡镇保甲进行复查整理，正式宣布撤销区署建制，至翌年初编查结束，1949年9月，闽清隶福建省人民政府第四行政督察专员公署，驻地林森县1956年3月26日，闽侯专区撤销，闽清划属南平专区；1959年8月闽侯专区恢复，闽清重新划入；1970年2月17日，闽侯专区革委会机关由闽侯螺洲迁莆田城厢，1971年4月13日，闽侯专区再次撤销，闽清划归莆田专区，同年6月1日改莆田专区为莆田地区，闽清县隶属莆田专区和莆田地区。
1983年7月，闽清归到福州。
1984年实行政社分开，各公社分别改为乡（镇），共设3个镇14个乡，后增设云龙乡，并陆续将7个乡改镇。
2000年，撤销省璜乡，设立省璜镇。
2004年7月28日，撤销闽清县后佳乡、佳头乡并入上莲乡。