民国时期始设净峰乡。
净峰镇历史悠久，北宋太平兴国六年（981年）置惠安县时，净峰镇分属崇善乡，崇武乡，元时属行满乡宗节里二十七都，文质乡延寿里、温陵里。
明清时属三十都黄坑铺、三十一都山前铺、三十二都东周铺。
民国时期设净峰乡辖9个保，1949年9月属第三区（东岭区），1952年6月成立第四区（净峰区），1958年9月属飞跃人民公社，1961年9月成立净峰人民公社，1984年10月成立净峰乡人民政府，1991年撤乡建镇。